เจดีย์วัดไผ่ดำ สร้างในสมัยอยุธยา เป็นเจดีย์รูปทรงระฆังคว่ำเป็นเจดีย์
เก่าที่ยังคงลักษณะสมบูรณ์ กว่าเจดีย์องค์อื่นในละแวกวัดใกล้ๆกัน จากการ
บอกเล่าของคนเก่าพบว่าเป็นเจดีย์ที่ปล่อยให้ร้างอยู่ในป่าไผ่ดำ โดยขาดคน
สนใจ

      จนกระทั่งราว พ.ศ.๒๔๖๕-๒๔๖๙ ปรากฏว่ามีพระภิกษุมาจำพรรษาอยู่
ในวัดไผ่ดำ แต่ก็ไม่ได้รับความสนใจเท่าที่ควร ซ้ำยังยังถูกนักเลงของเก่าขุด
หาของเก่าในเจดีย์ ทำให้รูปเจดีย์เอียง และอิฐบางส่วนชำรุดเสียหาย จน
กระทั่ง พ.ศ.๒๔๗๐ สมเด็จพระสังฆราช กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ โปรดให้
คณะสงฆ์สายธรรมยุตมาปกครองวัดนี้ โดยมีพระครูประพัฒนสีลณ (เอก
ปวฑฺฒโน) เป็นเจ้าอาวาสรูปแรก องค์เจดีย์จึงได้รับการดูแลบ้าง เท่าที่
ภูมิปัญญาและความสามารถในสมัยนั้นจะทำได้

                                    การบูรณะเจดีย์

     องค์เจดีย์ได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ เมื่อ พ.ศ.๒๕๑๕ โดยเจ้าอาวาส
คือพระครูประพัฒนศีลคุณและพระญาณวิริยาจารย์ (หลวงพ่อวิริยังค์ สิรินฺธโร
ปัจจุบันดำรงสมณศักดิ์ที่ พระธรรมเจติยาจารย์) ได้ร่วมกับคณะชาวบ้านไผ่
ดำร่วมกันบูรณะปฏิสังขรณ์ โดยก่ออิฐเป็นรูปฐานสี่เหลี่ยมรอบองค์เจดีย์ที่
ชำรุดไปเพื่อไม่ให้องค์เจดีย์ทรุดลงไปอีกและสร้างซุ้มพระด้านทิศใต้ติดกับ
องค์เจดีย์ เพื่อกันไม่ให้องค์เจดีย์พังทลายและในปี พ.ศ.๒๕๓๐ ชาวบ้านไผ่
ดำ ได้ร่วมกันบูรณะพื้นเจดีย์ โดยการวางอิฐตัวหนอนสีแดงรอบพื้นเจดีย์และ
ทำกำแพงล้อมรอบใหม่

                                   การบูรณะครั้งล่าสุด

    วันที่ ๙ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๔๐ ทำการบูรณะองค์พระเจดีย์ใหม่ โดย
สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ และคุณ
นงลักษณ์ ปาลกวงศ์ ณ อยุธยาร่วมกับผู้ว่าราชการจังหวัดสิงห์บุรี นาย
พิพัฒน์ คงมาลัย ข้าราชการพ่อค้าประชาชนชาวจังหวัดสิงห์บุรี ร่วมกันบูรณะ
เจดีย์วัดไผ่ดำและคุณนัยนา ธรรมอารี บริจาคสีทาองค์พระเจดีย์ทั้งหมด

    เจดีย์ ได้รับการบูรณะเสร็จสมบูรณ์เมื่อ วันที่ ๓๑ ธันวาคม ๒๕๔๐ งบ
ประมาณในการบูรณะซ่อมแซม ครั้งหลังนี้ประมาณ ๙๗๓,๐๐๐ บาท (เก้า
แสนเจ็ดหมื่นสามพันบาท)